Спустя пять лет после событий первой части Джонас Тейлор и его команда погружаются в самую глубокую бездну планеты — Марианскую впадину. Их миссия на исследовательской станции оборачивается борьбой за выживание, когда они обнаруживают нетронутую доисторическую экосистему, кишащую гигантскими хищниками. Ситуация усугубляется, когда выясняется, что база захвачена наёмниками, ведущими незаконную добычу ресурсов. Теперь героям предстоит столкнуться не только с разумными и свирепыми мегалодонами, но и с человеческой жадностью в самом сердце непознанной бездны.