В мире, похожем на прошлое Европы, но с парящими дирижаблями и роботами, юная Сита носит на шее Летающий Камень — артефакт невероятной силы. За ним охотятся все: и агенты правительства, и банды пиратов. Спасаясь бегством, она попадает в шахтерский городок, где знакомится с сиротой Падзу. Вместе они открывают правду: камень ведет к Лапуте — легендарному летающему острову-крепости, оставшейся от древней цивилизации. Их ждет опасное путешествие по небу в поисках тайны над облаками